在清朝雍正年间，云贵地区进行了大规模的改土归流改革，这一举措最终导致大约80个土司的消失。但历史的进程并非一帆风顺，如果这一改革可以顺利和平地进行，或许就不会拖到清朝才开始实施了。实际上，改土归流的推行遇到了激烈的反抗，特别是西南的土司势力。清朝最终采用了武力镇压，其中比较著名的战役包括大小金川之战、苗疆之战和瞻对之战。而苗疆之战，无疑是改土归流过程中最具代表性的一次战争。
在贵州，改土归流遭遇了最大的阻力，这与贵州复杂的地理环境、历史传统以及丰富的民族成分密切相关。贵州的地形崎岖，沟壑纵横，交通极为不便，长期以来中原王朝的统治力难以触及这片地区。而贵州的民族成分也非常复杂，除了苗族外，还有大量的侗族、彝族等，这使得治理难度大大增加。
实际上，早在明朝时期，为了削弱贵州的土司势力，中央政府曾发动了“思州之战”、“播州之役”和“水东之役”，成功消灭了贵州高原上的三大土司。清朝初期，又消灭了水西土司，最终使得贵州的四大土司成为历史。然而，当改土归流进入苗疆地区时，却遭遇了空前的阻力。
展开剩余82%贵州自古就是西南的战略要地，云贵总督鄂尔泰曾指出：“黔治则有与之俱治者，黔乱则有与之俱乱；若不改土归流，三省交接皆受其扰。”因此，雍正帝对贵州的改土归流采取了极为坚决的态度，甚至不惜动用重兵以确保其实施。
在清朝的视角下，贵州的边疆被称作“苗疆”或“新疆”。从雍正六年到十一年，清军对苗岭地区展开了大规模的进攻，目标是将“化外生苗”地区纳入治理。经过几年的战斗，清朝最终设立了古州、台拱、清江、都江、丹江、八寨六个行政区划，统称“新疆六厅”。新开辟的土地规模庞大，几乎占据了贵州的半壁江山。贵州也是清朝在“改土归流”过程中投入兵力最为庞大、战斗最为激烈的地区之一。随着清朝军事力量的加强，驻扎在黔东南的清军由最初的6000人，增加到1.5万人。
然而，改土归流打破了苗族土司的利益格局，这让他们极为不满。苗族土司不愿意放弃长久以来的特权，纷纷蠢蠢欲动。与此同时，清朝在治理苗疆时的政策也引发了当地的不满。苗族人民被迫放弃祖传的服饰与发式，赋税加重，土地逐渐被兼并，社会矛盾日益激化。这一切加剧了苗民的反叛情绪，最终导致苗乱的爆发。
1734年，贵州黎平人包利在古州以“苗王出世”号召苗民反清，开始了苗乱的序幕。次年，由于官吏滥征税赋，古州地区的苗民集结反抗，人数一度激增至2万余人。古州总兵研勋率军前来镇压，苗民遭到惨重打击。包利被迫转移到台江，重新集结力量。此后，贵州巡抚元展成和提督哈元生率领数百清军前往镇压，但苗民却围困了台拱的番招坉汛城。元展成调集了5000人前去解围，然而在途中被苗民围困，形势愈加复杂。随后的战斗中，苗民成功占领凯里、黄平、余庆等地，向镇远、思州等地推进。
局势一度陷入困境，雍正帝立即调动了六省的2万多清军进驻贵州进行平叛。然而，清军未能迅速压制住苗民的叛乱，苗民趁机进攻清军空虚的营寨，叛乱波及黔东南全境。就在此时，雍正帝突然去世，乾隆帝继位。这场叛乱成为乾隆帝登基后的第一个重大挑战，他将平定苗乱视为最为紧迫的任务：“苗疆用兵，乃目前第一要务。”
当时，朝廷内许多大臣对改土归流产生了疑虑，甚至主张放弃“苗疆”，这一观点在雍正晚年也曾被提及。乾隆帝继位后，首先处置了主张放弃苗疆的大臣张照，给其加上“假传圣旨”的罪名，表示雍正帝绝无放弃苗疆的意图。这样一来，朝廷中的反对声音暂时被压制。
随后，乾隆任命湖广总督张广泗为贵州巡抚，负责苗疆事务，同时对元展成、董芳、哈元生等进行革职追问。为了保证清军纪律，乾隆下令禁止滥杀无辜，提倡以德治军，争取民心。在军事策略上，乾隆采取了“先安熟苗，后捣生苗，再惩熟苗”的战术，逐一攻破敌人。
到了1736年12月，张广泗带领1.2万清军兵分三路进攻苗疆。经过数月激战，清军逐步突破了苗民的防线，攻占了数十个较大的苗寨，苗民死伤惨重。到了1737年3月，清军已攻占200座苗寨，包利被迫撤退到雷公山。雷公山地势险要，包利试图借助地形挖断道路，固守山中。然而，清军则严密封锁各个路口，经过几个月的围剿，包利最终被俘，苗民的抵抗力量大幅削弱。
经过雷公山之战，清军彻底平定了苗乱。乾隆帝下令“永除新疆苗赋”，以稳定局势，并对苗民实行宽容政策，减少他们的赋税负担。此外，乾隆还制定了新的行政管理措施，规定“一切自相争讼之事，俱照苗例完结，不必绳以官法”，从而实现“以苗治苗”的政策。为了减轻苗民的负担，乾隆还推行了屯田政策，进一步改善了当地的经济状况。
然而，随着乾隆晚期的政治腐败和社会矛盾的加剧，地方上爆发了新的苗民起义。1795年，武陵山一带的苗民在领袖石柳邓的带领下爆发了大规模的反抗，形成了一个类似于农民起义的“义军”。清朝再次派遣大军进行镇压，并在战斗中采取了离间瓦解的策略。经过几年的交战，起义最终被平定，但清朝在苗疆的治理问题并未得到根本解决。
这些起义反映出清朝在苗疆的政策依然存在诸多缺陷，社会矛盾未能得到有效解决。清朝虽然表面上平定了苗疆，但地方的矛盾依然潜伏，最终这些问题为清朝的衰落埋下了隐患。
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